奥秘机关是下滨的核心科研机构，其总部是一个管风琴状的白色建筑。进入奥秘机关总部被视为学术生涯最高形式的认可。

奥秘机关本质上是一个以科研为唯一职能的机构，并不直接扮演政治与商业角色。但由于其长期掌握大量领先于其他政治势力的关键研究成果，却缺乏与之相匹配的政治维稳能力（如公关体系、舆论调控能力或私人武装力量），奥秘机关往往通过与其他政治势力建立合作关系，以换取自身稳定性与科研经费支持。

奥秘机关总部存在40个主实验室和16个行政部门，对应小阿卡纳塔罗牌的组成。每个主实验室的标志与研究方向都对应一张小阿卡纳塔罗牌。对应不同花色首牌的实验室被称为首席实验室，负责最核心的技术研究，也拥有行政话语权。

奥秘机关总部实验室研究方向分类：

• 权杖：工程、能源、武器。推动现实变化的力量。 监视子
• 圣杯：心理、感知、精神世界。意识的产生与作用。 脑城计划一期 悖论之诗
• 宝剑：数学、信息、算法。逻辑体系和理论模型。 马赛克箱

除总部以外，奥秘机关还在下滨各地设立了多个分支研究所，并在多所高等院校内设立直属实验室，形成一种树状的结构体系，这种体系被称为“求索之树”。

奥秘机关的准入考试分为两类，考生可任选其一作答。一部分面向研究方向偏实际应用与成果转化的研究者，要求考生论述近十年来技术热点的演进趋势、未来可能的技术路径，以及不同领域理论成果转化的异同和挑战等；另一部分偏向基础探索与理论建构的研究者，要求考生提交一份自己大脑的研究报告。两类考试的答题时间均为七日整，且没有标准答案。

小绘破坏奥秘机关的核心数据后，整个奥秘机关的研究遭到了致命打击，比起损失的数据，更严重的是奥秘机关的内部矛盾激化。小绘曾在的圣杯首席实验室中，大部分成员被驱逐；更有部分实验室质疑奥秘机关的数据安全管理不善，党同伐异大于学术研究，从奥秘机关退出，这部分研究员在一个位于“红港”的地方成立了新的实验室。