A Manipulação de Matéria é a capacidade de manipular as partículas que compõem a matéria e as ligações entre elas. A conversão de matéria em energia também pode ser listada como manipulação de matéria, mas deve ser dada uma explicação adequada sobre o escopo das aplicações dessa habilidade.
A capacidade de manipular moléculas e suas ligações. Essas ligações incluem ligações iônicas (os elétrons são transferidos), covalentes (os elétrons são compartilhados igualmente), covalentes polares (os elétrons são compartilhados desigualmente), diatômicas (moléculas compostas por apenas dois átomos) e de hidrogênio. As aplicações nesse nível incluem efeitos como a alteração da natureza dos materiais (ou seja, a maneira como as cadeias de carbono são ligadas para transformar um hidrocarboneto em outro) ou a ruptura de oponentes ao romper as ligações moleculares que compõem seus corpos. Entretanto, eles não são capazes de alterar elementos existentes, pois isso está mais ligado à natureza dos átomos do que das moléculas.
Exemplos:
A capacidade de manipular átomos, íons e isótopos individuais. Nesse nível, os usuários podem alterar a natureza dos átomos e suas propriedades, o que lhes permite transmutar uma coisa em outra, destruir átomos para obliterar alvos e reorganizar completamente as estruturas atômicas para criar praticamente qualquer coisa. O usuário também pode ser capaz de manipular o decaimento radioativo de determinados átomos e isótopos.
Exemplos:
A capacidade de manipular os prótons e nêutrons dentro dos próprios átomos. A manipulação de elétrons, no entanto, envolve o fenômenos quânticos macroscópicos, pois nada os compõe e eles são importantes em princípios como a exclusão de Pauli e o princípio da incerteza, e são do tamanho de quarks.
