Status per 2 Oktober 2026: desain assembled utama adalah RootGuard_pHT01_Pveg_TasA_v2_DRAFT, 8.734 bp, dengan CDS TasA native 786 bp. GenBank aktual dan pemeriksaan lokal konsisten; re-verifikasi lulus 25 cek. Kandidat eksternal CDS-only mempunyai protein identik, hasil search 93,4% terhadap K1701005, dan screening tanpa flag. Narasi Parts 0–6, dokumentasi proses dan paket web lengkap sudah disiapkan. Optimasi Bacillus di Kernel/penerimaan alternatif dan kesesuaian nama workspace masih perlu konfirmasi. Revisi belum terverifikasi terpublikasi; tidak ada data biologis baru.

Snapshot historis di bawah ini mencatat tahap v1, bukan status desain terbaru:

Status per 30 September 2026, setelah layar 17:57 WIB: GenBank mengonfirmasi kaset 953 bp dan CDS TasA 786 bp (114–899). BLAST Kernel menunjukkan kecocokan 100% sepanjang 786 bp dengan BBa_K1701005; Biosecurity sequence scanner yang memakai SecureDNA menampilkan No flagged sequences detected. Bukti kedua alat disimpan di halaman ini. Codon optimization, backbone, pemilihan strain produksi dan uji biologis masih belum selesai.

1. Tujuan dan benang merah dengan Homework #1

RootGuard pada Homework #1 adalah konsep inokulan mikroba yang didukung biochar untuk jagung dalam keterbatasan air di Sumbawa. Statusnya proposal tahap desain, bukan rekomendasi agronomi yang telah teruji. Pada Homework #2, kita mengecilkan pertanyaan besar itu menjadi satu rancangan DNA yang dapat dipertanggungjawabkan: kaset ekspresi protein matriks biofilm TasA di Bacillus subtilis. TasA bukan seluruh biofilm, bukan bukti retensi pada biochar, dan bukan bukti manfaat tanaman. Komponen lain seperti TapA, SipW, dan EPS serta performa kondisi lapangan masih perlu diselidiki.

Analogi: biochar = rumah berpori; sel bakteri = penghuni; TasA = salah satu bahan pembentuk struktur komunitas. Menggambar instruksi untuk satu bahan tidak sama dengan membangun rumah dan membuktikan penghuninya bertahan.

2. Di mana pekerjaan disimpan

3. Kronologi keputusan dan koreksi

  1. Mulai dari target Homework #1, lalu memilih TasA sebagai target ekspresi tunggal yang relevan dengan struktur biofilm. Pilihan ini merupakan hipotesis kerja, bukan klaim bahwa TasA saja menghasilkan fungsi RootGuard.
  2. Pencarian NCBI menghasilkan NZ_CP020102.1 untuk kromosom B. subtilis NCIB 3610. Gen tasA ada pada complement(2553102..2553887); tampilan Graphics kromosom dapat memperlihatkan arah untaian yang membingungkan. CDS untuk desain harus berupa orientasi gen 5′→3′, dimulai ATG dan berakhir TAA, bukan sekadar menyalin koordinat atau urutan plus-strand dari layar.
  3. Versi awal dari strain 168 pernah masuk diskusi; itu tidak boleh diberi label NCIB 3610 tanpa memeriksa asalnya. Klaim lama tentang rancangan 1.384 bp juga keliru untuk berkas CDS. Berkas NCBI yang diimpor hanya CDS, belum kaset ekspresi ataupun plasmid.
  4. Pada Kernel, CDS impor awal memunculkan peringatan mengenai TAA terminal sesuai aturan pemeriksaannya; TAA di ujung bukan internal stop. Jangan menghapus stop biologis hanya untuk menyembunyikan peringatan.
  5. Part publik iGEM BBa_K1701005 dibandingkan basa demi basa dengan CDS NCIB 3610 yang telah diambil: 786/786 cocok, tanpa selisih; awal ATGGGTATG, akhir TAA. Oleh sebab itu satu salinan TasA dalam construct cukup. Identitas sekuens ini tidak membuktikan latar strain sumber fisik part iGEM.
  6. Promoter BBa_K143012 (Pveg, 97 bp) ditemukan dengan jenis part publik yang tidak sesuai di antarmuka. Salin ke part lokal berjenis Promoter dengan sumber dan ID asli dicatat. Peringatan nama duplikat saat membuat salinan adalah masalah penamaan/metadata, bukan bukti DNA salah; bedakan salinan lokal dari part asal.
  7. Kandidat RBS BBa_K090505 dan BBa_K090506 ditinjau. Kaset v1 memakai BBa_K090505 (11 bp). Perbandingan ini kualitatif; tidak ada data ekspresi di host/kondisi RootGuard yang mengesahkan peringkat kekuatan.