<aside> 🧭
Log pelaksanaan dan keputusan — October 5, 2026
Tiga komposisi telah tersimpan, upvote FkpA tercatat, dan forum dapat diakses. Laporan Inggris sudah terbit pada website HW3; halaman dan empat lampiran sudah diverifikasi. Belum ada hasil eksperimen.
</aside>
Kembali ke HTBAA 2026 — Jurnal Homework 3: Desain Reaksi Cell-Free. Komposisi lengkap: HW3 — Tiga Desain: Komposisi, Alasan, dan Bukti Pengajuan. Jawaban A: HW3 — Mulai di Sini: Draf Jawaban Bagian A.
Catatan ini merekam tindakan yang dilakukan, sumber yang digunakan, keputusan desain, hasil pemeriksaan dan hal yang masih belum diketahui. Urutan adalah urutan kerja dalam sesi 5 Oktober 2026 (WIB). Jam tiap klik tidak direkam secara konsisten, sehingga tidak dibuat waktu rinci yang seolah-olah diketahui. Catatan lama pada jurnal induk dipertahankan sebagai riwayat.
| Langkah | Tindakan | Apa yang dilakukan | Hasil / batas bukti |
|---|---|---|---|
| 01 | Meninjau tugas resmi dan spesifikasi | Mencocokkan A1–A3, B1–B3, batas volume dan target protein dengan handout; C/Kernel bersifat opsional. | Daftar keluaran dan batas reaksi ditetapkan dari dokumen kelas, bukan dari asumsi. |
| 02 | Memeriksa bacaan utama | Membaca hasil ekstraksi lima PDF; memeriksa gambar tabel kritis Jewett dan Olsen. | Tabel asli PANOx-SP dibedakan dari kolom comparator PANOx-SP dalam Olsen. |
| 03 | Menyiapkan jawaban Bagian A | Menulis A1 tentang ion, A2 energi/nukleotida dan A3 perbandingan konsentrasi. | Draf Inggris disimpan lokal serta di subhalaman Bagian A; isi/tabel dibaca kembali. |
| 04 | Memeriksa satu koreksi sumber | Audit menemukan bahwa pH sekitar 6,8 dalam pembahasan Jewett berlaku pada Cytomim. | Klaim pH tersebut tidak diterapkan pada PANOx-SP; berkas audit diperbaiki. |
| 05 | Memecahkan kebingungan login | Halaman Coopetition dapat dilihat publik; tombol Sign in berada setelah bagian pembuka. | Tautan login diberikan. Pengguna melakukan autentikasi sendiri. |
| 06 | Memverifikasi sesi pengguna | Designer menampilkan signed in · Naufal Tsabitul Azmi. | Akses akun dikonfirmasi dari tampilan; password dan token tidak dicatat dalam jurnal. |
| 07 | Mencatat inventory yang terlihat | Membaca label stok, ketersediaan preset, komponen base buffer dan satuan. | Preset sfGFP Ribose, PETase Ribose dan Reteplase PEP tersedia dengan seluruh komponen yang ditampilkan. |
| 08 | Mengaktifkan Details | Menampilkan volume suplemen dalam nL dan estimasi biaya per mL/per reaksi. | Angka biaya dicatat sebagai snapshot tampilan, bukan harga pengadaan atau hasil eksperimen. |
| 09 | Memuat tiga preset acuan | Menyalin JSON yang terlihat untuk sfGFP Ribose, PETase Ribose dan Reteplase PEP. | Baseline dan sample referensi Ginkgo dicatat. Nilai historis pada tabel bukan hasil desain Naufal. |
| 10 | Mendeteksi masalah pemilihan target | Preset PETase/Reteplase awalnya masih menghasilkan template_sfgfp pada JSON. | Memilih preset saja tidak cukup: metadata protein target dan satu template DNA harus diperiksa sebelum Submit. |
| 11 | Menyusun strategi perubahan | Memilih satu reagen yang berubah pada tiap target, dengan air sebagai penyeimbang volume. | Strategi screening satu faktor memudahkan penjelasan dan interpretasi; bukan bukti optimum global. |
| 12 | Menyiapkan sfGFP | Mengurangi Mg-glutamate 225→200 nL dan menaikkan air 175→200 nL. | Magnesium nominal akhir 8,225→7,600 mM; reagen lain dipertahankan. |
| 13 | Menyiapkan PETase/TfCut2 | Mengurangi DsbC 1000→900 nL dan menaikkan air 225→325 nL. | DsbC 5,0→4,5 µM. Hipotesis: aktivitas tetap memadai dengan biaya suplemen lebih rendah. |
| 14 | Menyiapkan Reteplase | Menaikkan DsbC 1000→1100 nL dan mengurangi air 625→525 nL. | DsbC 5,0→5,5 µM. GSSG/GSH dan kerangka DSB lysate dipertahankan. |
| 15 | Menguji perhitungan | Menjumlahkan seluruh volume, mengecek kelipatan 25 nL, komponen tetap, satu DNA sesuai target dan 11.000 nL bagian variabel. | Ketiga input tepat 20.000 nL; volume tetap 5.000/2.000/2.000 nL. |
| 16 | Mengisi metadata pengajuan | Menulis sample ID berbeda, protein target, Codex desktop, acknowledgements dan hipotesis Inggris. | Metadata menjelaskan perubahan, evaluasi dan belum adanya hasil eksperimen. |
| 17 | Menyimpan sfGFP | Menekan Submit dan menunggu hasil simpan. | Server menampilkan saved as 14sqepz2b15y1o0; sfGFP muncul pada My Compositions. |
| 18 | Menyimpan PETase | Memastikan target PETase dan input template_petase, kemudian Submit. | Server menampilkan saved as ov0n7790fzd7f99; PETase muncul pada My Compositions. |
| 19 | Menyimpan Reteplase | Memastikan target Reteplase dan input template_reteplase, kemudian Submit. | Server menampilkan saved as sfvi72kwto5mmc6; Reteplase muncul pada My Compositions. |
| 20 | Membaca kembali bukti | Memeriksa satu entri pada setiap kelompok target; membaca metadata PETase melalui Edit lalu Cancel tanpa menyimpan perubahan. | Nama, target, AI client dan hipotesis tersimpan sesuai pengajuan. Input JSON dan screenshot diarsipkan. |
| 21 | Menguji perilaku Load into Custom Mix | Memuat komposisi yang tersimpan untuk memeriksa suplemennya. | Clone memperoleh ID baru, metadata dapat kosong dan DNA target aktif dapat tertinggal dari desain sebelumnya. Clone bukan ekspor server yang identik. |
| 22 | Mencatat perbedaan biaya tampilan | PETase tampil $311,48/mL sesudah pengajuan; pada load berikutnya tampil $306,69/mL dengan target DNA aktif Reteplase. | Penyebab belum dipastikan. Rasio break-even dicatat bersyarat pada snapshot pasangan awal. |
| 23 | Memeriksa sumber FkpA | Meninjau Groff dkk. 2014 sebagai sumber primer tentang FkpA dan DsbC pada antibody cell-free. | Dukungan untuk Reteplase dinyatakan sebagai hipotesis lintas target. |
| 24 | Melakukan upvote Community Reagent | Memilih FkpA yang diusulkan Xiangtao Shi. | Tombol berubah menjadi Remove your vote; jumlah terlihat berubah 3→4. FkpA tidak ditambahkan ke tiga komposisi. |
| 25 | Memeriksa forum | Membuka kanal cfps-coopetition dan memverifikasi bahwa diskusi dapat dibaca. | Persyaratan kunjungan/akses forum selesai; tidak mengirim pesan bonus. |
| 26 | Menyiapkan publikasi website | Membuka repository yang sudah digunakan untuk website kelas; pengguna masuk sendiri saat diminta login ulang. | Akses editor berhasil. README merekomendasikan week-03-HW-cell-free/_index.md, weight 30. |
| 27 | Mencatat jurnal dan paket publikasi | Menyimpan halaman tiga komposisi beserta tabel volume, konsentrasi, sumber, input JSON dan ID server. | Log ini dan tautan di jurnal induk menjadi catatan proses; status website diperbarui setelah pemeriksaan live. |
| Keputusan | Dasar / sumber | Alasan yang dapat diuji | Batas kesimpulan |
|---|---|---|---|
| Membandingkan original PANOx-SP dan RFopt | Jewett & Swartz 2004, Methods/Table I; Olsen 2026, Table 1. | Dua strategi energi/nukleotida yang berbeda dan dapat dilacak. | PANOx-SP versi Olsen tidak sama dengan resep asli 2004; jangan mencampur kolom. |
| Mengadaptasi preset kelas | Spesifikasi kelas dan inventory/designer 5 Oktober 2026. | Preset sesuai reagen dan kerangka tetap kelas; literatur menjadi penjelasan, bukan resep yang disalin tanpa koreksi. | Base buffer kelas sudah memasok ion/buffer/asam amino; carryover lysate dan free Mg tidak diukur. |
| sfGFP Ribose sebagai baseline | Preset Ginkgo sfGFP_R2PC_054; Olsen sebagai konteks ribose/NMP. | Menguji penyesuaian ion pada baseline energi/nukleotida yang tersedia. | Preset kelas tidak identik dengan RFopt murni; tidak disebut desain RFopt yang direplikasi persis. |
| Mg lebih rendah satu droplet | Jewett Table II, Olsen re-optimization discussion; stok UI 500 mM. | Magnesium sensitif dan tergantung formulasi; satu langkah 25 nL = 0,625 mM pada 20 µL. | Arah perbaikan tidak diketahui; penghematan langsung garam sangat kecil. |
| PETase Ribose dan DsbC turun 10% | Preset Cutinase_R2PC_054; target/folding framework handout; DsbC UI 100 µM. | Screen konservatif apakah 4,5 µM cukup untuk mempertahankan aktivitas TfCut2. | Satu disulfida tidak membuktikan DsbC boleh dihapus. Assay esterase bukan bukti langsung degradasi PET padat. |
| Reteplase PEP dan DsbC naik 10% | Preset Reteplase_R2PC_041; DSB framework handout; peran isomerase pada folding. | Screen apakah kapasitas folding tambahan meningkatkan fraksi aktif protein dengan sembilan disulfida. | Referensi PEP memiliki aktivitas tampilan lebih tinggi daripada ribose, tetapi preset berbeda tidak membuktikan efek kausal PEP atau biaya optimum. |
| Mempertahankan GSH/GSSG dan supplied DSB lysate | Spesifikasi bagian lysate preparation; platform reference. | Mengisolasi pertanyaan dosis DsbC tanpa sekaligus mengubah lingkungan redoks. | Perlakuan IAM merupakan persiapan lysate oleh Ginkgo; bukan reagen/tahap tambahan peserta. |
| Memakai biaya per keluaran fungsional | Tujuan tugas; Smith dan Olsen membedakan hasil dan lingkup biaya. | Biaya reaksi kecil dapat kalah jika aktivitas protein menurun. | Untuk PETase/Reteplase gunakan aktivitas dalam assay sebanding; produk pNP/AMC bukan gram enzim. |
| Memilih FkpA untuk upvote | Groff dkk. 2014, Results/Figs. 3–5. | FkpA sebagai pendamping folding; DsbC memiliki peran berbeda pada assembly/disulfida. | Paper menguji antibody, bukan Reteplase. Diperlukan uji target-spesifik dan biaya tambahan. |
| Menggunakan AI untuk bantuan, bukan hasil pengukuran | Instruksi HW3 tentang AI; actual prompts pada log ini. | Codex membantu membaca sumber, menghitung, menulis dan mengoperasikan UI. | Tidak melatih model prediksi yield; AI tidak menggantikan pengukuran atau pemahaman penulis. |
Metode yang digunakan adalah screening satu faktor dari preset acuan (one-factor-at-a-time/OFAT), bukan model statistik atau simulasi mekanistik terlatih. Perubahan hanya pada satu reagen aktif per target; air menutup sisa volume. Strategi ini dipilih agar alasan desain mudah dijelaskan. Hasilnya belum mengidentifikasi optimum global atau interaksi antar-reagen.
Konsentrasi nominal akhir = kontribusi base buffer + konsentrasi stok × volume tambahan / 20.000 nL. Gunakan satuan konsisten dan hitung ulang setelah pembulatan volume.
Biaya per keluaran hanya membaik jika output_baru/output_acuan > biaya_baru/biaya_acuan. Dengan pasangan tampilan awal, ambang PETase sekitar 91,7% aktivitas acuan dan Reteplase sekitar 108,2% aktivitas acuan. Ini perhitungan bersyarat pada estimasi UI, bukan hasil eksperimen. Perbedaan biaya setelah reload belum terselesaikan. Untuk sfGFP, UI membulatkan kedua biaya menjadi sama sehingga penghematan Mg yang kecil tidak teresolusi.
| Target | Sample ID | Record ID server | Bukti |
|---|---|---|---|
| sfGFP | naufal_tsabitul_azmi_2026-10-05_sfgfp_mg76_v1 |
14sqepz2b15y1o0 |
Tersimpan; terlihat pada My Compositions |
| PETase | naufal_tsabitul_azmi_2026-10-05_petase_dsbc45_v1 |
ov0n7790fzd7f99 |
Tersimpan; terlihat pada My Compositions |
| Reteplase | naufal_tsabitul_azmi_2026-10-05_reteplase_dsbc55_v1 |
sfvi72kwto5mmc6 |
Tersimpan; terlihat pada My Compositions |
Tiga berkas berlabel Submitted menyimpan input yang diajukan, dipasangkan dengan ID hasil simpan. Berkas tersebut tidak diberi label raw server export. Tombol Copy shareable link menampilkan Link copied, tetapi teks tautan tidak berhasil diperoleh melalui fasilitas clipboard sesi ini; karena itu tidak dibuat URL per-record dengan menebak pola URL. Gunakan ID server dan sample ID di atas pada Coopetition.