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Die akademische Lehrtätigkeit und die Organisation wissenschaftlicher Seminare bildeten einen wesentlichen Bestandteil der wissenschaftlichen Arbeit von Dr.-Ing. Manfred Neugebauer. Zwischen 1983 und 1994 verband er historische Bauforschung, Museumswissenschaft und Kulturlandschaftsforschung mit universitärer Lehre und wissenschaftlicher Weiterbildung. Dabei standen die Vermittlung wissenschaftlicher Methoden sowie die Verbindung von Forschung, musealer Praxis und Hochschullehre im Mittelpunkt.
Parallel zu seiner Tätigkeit als Begründer und Leiter des Oberpfälzer Freilandmuseums Neusath-Perschen war Dr.-Ing. Manfred Neugebauer von 1983 bis 1994 kontinuierlich in der akademischen Lehre tätig. Er übernahm Lehraufträge an der Fachhochschule Regensburg (heute Ostbayerische Technische Hochschule Regensburg) sowie an der Universität Regensburg.
Seit 1983 vermittelte er an der Fachhochschule Regensburg das Fach Historische Bauforschung und trug damit zur Verankerung bauhistorischer Methoden in der Architekten- und Ingenieurausbildung bei. Ab 1989 ergänzten Lehrveranstaltungen zur Museologie und Kulturlandschaftsforschung an der Universität Regensburg dieses Lehrangebot.
Kennzeichnend für seine Lehrtätigkeit war die enge Verbindung wissenschaftlicher Theorie mit praktischer Forschung. Die Lehrveranstaltungen umfassten Exkursionen, projektbezogene Arbeiten im Museum, bauhistorische Untersuchungen sowie die Betreuung wissenschaftlicher Abschlussarbeiten. Auf diese Weise wurde das Oberpfälzer Freilandmuseum zugleich zu einem außerschulischen Lern- und Forschungsort für Studierende verschiedener Fachrichtungen.
Ausschnitte aus Presseberichten über Informationsveranstaltungen von Dr.-Ing. Manfred Neugebauer für Dozenten und Studierende der Fachhochsule Regensburg (heute OTH Regensburg), 1989. Wiedergabe im Rahmen des Zitatrechts (§ 51 UrhG). Quelle: Mittelbayerische Zeitung; Der Neue Tag.
Neben der Hochschullehre initiierte und leitete Dr.-Ing. Manfred Neugebauer mehrere wissenschaftliche Seminare und Fachtagungen. Dadurch entwickelte sich das Oberpfälzer Freilandmuseum zu einem Ort des fachlichen Austauschs zwischen Bauforschung, Museumswissenschaft, Kulturlandschaftsforschung, Denkmalpflege und Naturschutz.
Den Auftakt bildete 1990 die wissenschaftliche Tagung „Siedlungsgeographie und Freilandmuseum“, die sich mit der Rekonstruktion historischer Siedlungsstrukturen und ihrer musealen Darstellung befasste.
1991 folgte die internationale Arbeitstagung „Freilandmuseen – Kulturlandschaft – Naturschutz“ mit Fachvertreterinnen und Fachvertretern aus dem In- und Ausland. Die Ergebnisse wurden in den Laufener Seminarbeiträgen (5/1992) veröffentlicht und dokumentieren den interdisziplinären Charakter der Veranstaltung.
Ein weiteres internationales Seminar im Jahr 1992 vertiefte diese Fragestellungen im deutsch-tschechischen Kontext. Im Mittelpunkt standen insbesondere